Nhìn chung nội tạng động vật gồm thận, dạ dày, ruột, tim, lưỡi, và gan có chứa lượng chất béo bão hòa và cholesterol cao hơn so với thịt và nếu tiêu thụ nhiều sẽ làm tăng mỡ máu có hại cho tim mạch, đặc biệt đối với người cao tuổi, người béo phì và người mắc bệnh rối loạn chuyển hóa: tiểu đường, huyết áp cao, gút..

Tuy nhiên, ăn quá nhiều nó có thể gây hại cho sức khỏe[7] do đó không nên ăn quá nhiều loại thực phẩm này. Mỗi tuần chỉ nên ăn nhiều nhất 2-3 lần, mỗi lần từ 50-70g đối với người lớn, còn trẻ em chỉ ăn từ 30-50g/bữa. Các loại phủ tạng đều chứa nhiều cholesterol nên không phù hợp với người cao tuổi, người mắc các bệnh rối loạn chuyển hoá như tăng cholesterol máu, xơ vữa động mạch, tăng huyết áp, đái tháo đường, bệnh gout, bệnh thận, người thừa cân, béo phì...do hàm lượng cholesterol trong phủ tạng rất cao, cao nhất là trong óc, gan và bầu dục, do đó, ăn phủ tạng động vật có thể tốt với người này nhưng lại không tốt với người khác. Đối với những người cao tuổi, thừa cân - béo phì nên hạn chế, người mắc các bệnh tăng mỡ máu, tăng huyết áp, đái tháo đường, bệnh gout, thận hư nhiễm mỡ, suy tim... thì không nên ăn các loại phủ tạng.[7]

Rất nhiều người có sở thích ăn nội tạng của động vật. Đặc biệt là nội tạng của gà. Thận gà là bộ phận nội tạng mà rất nhiều nam giới thích ăn. Gần đây, có cảnh báo rằng ăn nội tạng động vật khiến cho tinh trùng của nam giới bị suy giảm. Về vệ sinh an toàn thực phẩm, cần hết sức lưu ý với các loại nội tạng không rõ nguồn gốc trên thị trường, được nhập khẩu từ Trung Quốc, hoặc các loại nội tạng trắng và những nội tạng liên quan đến vấn đề thịt thối, những loại hàng hóa này đều được tẩm ướp các loại gia vị, khử mùi hôi rồi mới tuồn vào các nhà hàng, quán ăn bán cho thực khách.[6][9][10][11][12][13]

Có khuyến cáo cho rằng việc sử dụng các món ăn từ nội tạng động vật còn có nhiều nguy cơ như nội tạng động vật hấp dẫn như ruột già, đặc biệt là lòng non như lòng heo, lòng gà, lòng bò chứa nhiều cholesterol và hàm lượng chất béo rất cao. Nội tạng chứa các ký sinh trùng như giun, sán.... đồng thời có nguy cơ nhiễm khuẩn gây ra các bệnh thương hàn, tả, lỵ và các vi trùng kỵ khí gây nhiễm trùng đường ruột. Ngoài ra không nên ăn gan động vật vì gan là bộ phận lọc chất độc của cơ thể, chất độc tích tụ nhiều trong gan và rằng tuy gan chứa nhiều vitamin A và chất sắt, nhưng gan động vật rất dễ nhiễm các loại ký sinh trùng như sán lá gan, độc tố của vi khuẩn, virút và nấm mốc như độc tố aflatoxin gây ung thư gan, các chất độc khác có thể tích lại ở gan trong quá trình khử độc như thuốc kháng sinh sử dụng trong chăn nuôi. Đối với người gầy, chỉ nên ăn nội tạng vừa phải, tốt nhất ăn một đến hai lần/tuần.[14]

Các nội tạng động vật không rõ nguồn gốc tiềm ẩn nhiều nguy cơ nhiễm vi khuẩn,vi rút, ký sinh trùng (giun, sán) lây bệnh sang người. Các loại bệnh có thể mắc phải khi ăn nội tạng gồm: ăn óc bò không rõ nguồn gốc, mô hệ thống thần kinh có thể bị truyền bệnh não xốp bò "bệnh bò điên" (bovine spongiform encephalopathy). Gan động vật chăn nuôi không vệ sinh(do ăn thức ăn chăn nuôi nhiễm nấm mốc) nguy cơ ô nhiễm độc tố vi nấm Aflatoxin cao – chất có khả năng gây ung thư gan ở người.

Nếu lợn nhiễm liên cầu khuẩn lợn Streptococcus suis (S.suis) (kể cả lợn bệnh và lợn lành mang trùng không phát bệnh), trong máu (tiết), lòng ruột nội tạng và thịt lợn sẽ chứa một lượng lớn vi khuẩn. Khi ăn các sản phẩm từ lợn này như tiết canh, lòng, nem chua, cháo lòng... chưa được nấu chín thì liên cầu khuẩn từ thức ăn đó sẽ xâm nhập vào cơ thể người và gây bệnh. Ở Việt Nam, trên 70% bệnh nhân mắc bệnh liên cầu khuẩn lợn là do ăn tiết canh lòng lợn. Một số ruột động vật có lượng rất lớn vi khuẩn E. Coli & các vi khuẩn gây bệnh tiêu chảy, tả, lỵ, thương hàn..cho người khi ăn phải lòng, nội tạng nấu không chín kỹ hoặc ô nhiễm chéo sang các thức ăn nước uống khác trong quá trình chế biến.[1]